Prenant le relais sur le PNSE 1 pour la période 2009-2013, le Plan National Santé Environnement II propose 12 mesures phares caractérisant et hiérarchisant les actions à mettre en place en matière d’impact environnemental sur la santé. Au programme, réduction des émissions polluantes dans l’air et l’eau (notamment des hydrocarbures et de certains métaux lourds), contrôle et diminution de l’exposition aux substances préoccupantes (comme les mutagènes ou les reprotoxiques parmi lesquelles figurent les pesticides) et assainissement du cadre de vie pour un montant total de 490 millions d’euros sur 5 ans.