Le Parlement européen souhaite laisser aux Etats membres la liberté d’interdire les OGM sur leur territoire, et ce même pour des raisons environnementales ou sanitaires. Il n’existe pour l’instant pas de mesure en place permettant aux pays européens de refuser les OGM s’ils sont acceptés à l’échelle européenne, bien que l’Autriche, la France, la Grèce, la Hongrie, l’Allemagne et le Luxembourg aient eu recours à une « clause de sauvegarde » pour s’en prémunir. Deux OGM sont en effet tolérés par l’Union Européenne mais non cultivés dans ces pays réfractaires : le maïs Mon810 de Monsanto et la pomme de terre Amflora de Basf. Corinne Lepage, ancienne ministre française de l’Environnement et actuelle eurodéputée centriste, a résumé ainsi la volonté du Parlement : « nous souhaitons maintenir une gestion centralisée, mais laisser une marge de manœuvre aux Etats membres ». L’évocation de motifs environnementaux ou de santé est débattue entre la Commission Européenne et le Parlement. En effet, la première craint que de telles raisons puissent être contestées dans le cadre des règles du commerce international (car ne pouvant être évaluées que par les autorités sanitaires européennes compétentes) alors que le second souhaite qu’ils puissent être mis en avant pas les différents états. Le texte du Parlement européen a été approuvé le 4 juillet 2011.